BoBoiBoy adalah budak lelaki remaja yang berumur 11 tahun dengan mata yang coklat, kulit yang cerah dan rambut hitam yang tebal.

Di dalam pertama, BoBoiBoy memakai baju kemeja putih di sebalik jaket berwarna jingga dengan zip yang ditutup rapat dan lengan panjang gebu berwarna coklat, dilengkapi dengan kasut jingga putih yang runcing, seluar coklat dan topi kep jingga bermotif dinosaur.

Pada musim ke-2, seluar yang dipakai BoBoiBoy lebih kurang serupa dengan musim sebelumnya tetapi dengan perbezaan ketara. Jaketnya bertudung, lengannya pendek dan tidak gebu lagi, ditambah dengan lipatan luar kuning di setiap tepi baju. Kasutnya berwarna jingga kemerahan. Namun, dia hanya memakai seutas jam tangan sahaja pada tangan kanannya berbanding dua utas jam tangan pada musim pertama.

Pada musim ke-3, busana BoBoiBoy tidak banyak berubah di samping diimbuh kocek pada jaketnya sahaja.

Dalam BoBoiBoy Galaxy, BoBoiBoy memakai baju hitam dengan lengan panjang yang dilipat sehingga bahagian siku di sebalik jaket berwarna jingga yang dilengkapi dengan lungsur zip yang ditutup sehingga paras dada, namun jaketnya tidak lagi bertudung dan mempunyai kocek. BoBoiBoy memakai seluar jean biru dengan seutas tali pinggang berwarna hitam. Kasut butnya pula berwarna putih dan kelabu. Terdapat perubahan yang unik pada logo petir di depan topi dan lungsur zip jaketnya kerana logo petir tersebut menyerupai seperti huruf 'B'.

Mengikut rancangan awal, BoBoiBoy sebenarnya berumur sekitar prasekolah. Tambahan pula, topinya mempunyai tiga biji mata sebagai jelmaan makhluk asing.